En BitFactura los usuarios pueden eliminar facturas y documentos bajo su propia responsabilidad. Sin embargo, el sistema cada vez exigirá una confirmación y mostrará el comunicado: "¿Estás seguro de que quieres eliminar la factura?". Para proteger su cuenta de la mejor manera posible se recomienda no compartir las contraseñas con otras personas y limitar el acceso a la cuenta para los ex empleados. Se recomienda también cambiar la dirección de correo electrónico de cuenta antes de quitarles el acceso al correo.